Codificação muda a forma; cifra esconde o conteúdo com uma chave.
Codificar é trocar a forma de representar um dado, seguindo uma regra pública: ASCII, hexadecimal e Base64 são codificações. Qualquer pessoa que conheça a regra desfaz a codificação, sem precisar de segredo nenhum.
Cifrar é esconder o conteúdo usando uma chave. Sem a chave, o texto cifrado não deveria revelar nada.
Uma codificação como o Base64 segue uma regra pública, então qualquer um desfaz; uma cifra só se desfaz com a chave, e sem ela o texto cifrado não revela nada.
Essa diferença importa na vida real: senha "protegida" em Base64 é senha exposta. Se um sistema diz que criptografa seus dados, mas qualquer ferramenta online desfaz a transformação sem chave, ele só codificou.